El nuevo Ministerio de Defensa también incluirá una nueva Subsecretaría de Defensa, sobre la cual descansará la gestión de la cartera en lo relativo a los temas político-estratégicos del sector Defensa. Para tal efecto, el nuevo ministerio contará con una planta de personal que incluirá un número de especialistas civiles calificados en estos temas, que junto a los especialistas militares asesorarán al ministro de Defensa y al Gobierno en estos temas.
Otro aspecto importante de las reformas contenidas en el proyecto de ley es el nuevo rol y relevancia que otorga a la figura del Jefe del Estado Mayor de la Defensa Nacional, que pasará a estar a cargo de la operatividad militar. El EMDN es en la actualidad conducido por un oficial de tres estrellas, y es esencialmente una instancia de asesoría y apoyo al ministro de Defensa.
Dentro de la reforma propuesta, la jefatura del EMDN pasaría ser ocupada por un oficial de cuatro estrellas equivalente y al mismo nivel de los Comandantes en Jefe del Ejército, Armada y Fuerza Aérea. Para ello se designará en el cargo a un oficial de tres estrellas de cualquiera de las tres ramas, el que será inmediatamente ascendido al rango superior, y que pasará a retiro cuando cumpla un periodo de cuatro años. Este oficial, que puede ser certeramente descrito como un Jefe de Operaciones Conjuntas, estaría encargado de la coordinación, planificación e implementación de todos los despliegues militares, sean conjuntos o no.
La iniciativa legal también incluye un artículo transitorio, bajo el cual se entregarían facultades al Presidente para fijar la planta de personal del nuevo ministerio mediante decretos con fuerza de ley. Los diputados de la alianza opositora –integrada por la centro-derechista Renovación Nacional (RN) y la conservadora Unión Demócrata Independiente (UDI)- se opusieron. Sus argumentos se centraron en que aquello debe aprobarse con quórum calificado, y que la definición del personal de confianza y de carrera, como las remuneraciones, sólo pueden establecerse mediante una ley y no por decreto.
El conflicto fue resuelto en la votación final, en que el artículo transitorio fue repuesto por 54 votos a favor frente a 42 en contra. Pese a que el artículo transitorio podrá ser interpelado nuevamente, durante la discusión y votación del proyecto de ley que hará el Senado, los parlamentarios de oposición anunciaron que recurrirían antes al Tribunal Constitucional, a fin de que esa instancia resuelva el punto.
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